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GRIOTE (2014-2017)

Intitulé complet : Intégration de données biologiques à très grande échelle

Site du projet : http://griote.univ-nantes.fr/

En collaboration avec les équipesConcerto, Fungisem, FruitQual, ResPom

Le projet GRIOTE, financé par la région Pays de Loire et porté par le LINA, laboratoire d'informatique de l'Université de Nantes, est tourné vers l'intégration de données biologiques à très grande échelle et fédère la plupart des forces en bioinformatique dans la région. L'objectif scientifique de ce projet est de développer des méthodes originales de traitement et d'intégration des données générées par les plateformes régionales (données de spectrométrie de masse, séquençage haut débit, génotypage, transcriptomique, …) permettant d'accompagner les programmes de recherche en biologie, à la fois dans le domaine de la santé et dans le domaine du végétal.

L'équipe Bioinfo participe à ce projet par le biais de co-encadrements de doctorants et stagiaires avec le LERIA et le LINA autour du traitement de données transcriptomique et méta-génomique.

CRB Fruits à Pépins / Rosiers et Apiacées (2014-2015)

Intitulé complet : Vers l'amélioration de la gestion des données, de la pérennité des accessions et du système qualité des CRB végétaux angevins

Site du projet :

En collaboration avec les plateformes : CRB Fruits à pépin et Rosier, CRB Apiacées

ROAD MOVIE (2013-2016)

Intitulé complet : Resistance Of Apple against Diseases : Mechanisms Of Virulence and Identification of Effectors

Site du projet :

En collaboration avec les équipes :EcoFun, Fungisem, FruitQual, ResPom

Dans le cadre de ce projet, nous proposons un nouveau cadre conceptuel pour développer des variétés à résistance durable en nous appuyant sur une évaluation de la capacité intrinsèque du pathogène à s’adapter à chacun des gènes de résistance auquel il est confronté. Nous allons tester cette stratégie sur la tavelure du pommier (Malus x domestica), principale maladie en verger, provoquée par le champignon ascomycète Venturia inaequalis. Ce couple hôte/parasite entretient des relations appelées « gène pour gène » : à un gène de résistance du pommier correspond un gène de pathogénicité chez le champignon. Lorsque les deux partenaires possèdent chacun la forme fonctionnelle de leur gène respectif, la plante reconnait le produit du gène du champignon, également appelé effecteur, et empêche son développement par le déclenchement de mécanismes de défense. Lorsque la structure de l’effecteur est modifiée suite à une mutation du gène chez le champignon, alors la plante ne reconnaît plus le champignon ce qui déclenche les épidémies observées au champ. Tenter de prédire le caractère durable d’un gène de résistance sur la base de la stabilité évolutive de l’effecteur correspondant constitue le pari scientifique de ce projet.

Dans le cadre de ce projet, l'équipe Bioinfo apporte son support dans l'analyse des données.

AI Fruit (2012-2015)

Intitulé complet : Approches Intégratives du déterminisme structural, génétique et écophysiologique de la qualité des Fruits.

Site du projet : https://www6.inra.fr/aifruit/

En collaboration avec l'équipe :FruitQual

Ce projet propose de rassembler différents types de mesures biologiques et physiques sur les fruits (pommes) et de réaliser par la suite une analyse intégrative. Il rassemble des partenaires sur Angers (IRHS, LASQUO, LISA, ESA-GRAPPE), Nantes (INRA BIA,ONIRIS), Rennes (IRSTEA) et Le Mans (LAUM, IMMMM).

La partie bioinformatique correspond à la mise en place d'un système d'information pour que les différents partenaires puissent mettre leurs données en commun et les croiser.

DREAM TEAM (2012-2014)

Intitulé complet : Durable Resistance through Effectome of Apple scab Mining: Transcriptomics, Evolutionary Analyses

Site du projet :

En collaboration avec l'équipe : EcoFun

L'objectif du projet, qui unit des spécialistes d'un champignon pathogène (Venturia inaequalis) et du pommier (Malus x domestica), est de mieux comprendre les stratégies suivies par le pathogène pour infecter la plante hôte et passer outre ses défenses. Des facteurs de virulence, aussi connu comme effecteurs, ne sont pas uniquement impliqués dans l'apparition de la maladie, mais sont aussi souvent exploités par la plante, leur reconnaissance par des protéines servant de médiateur à la résistance. C'est pourquoi leur identification est crucial pour l'identification de caractéristiques de résistance. Le projet vise à constituer un catalogue de ces effecteurs, qui servira de base l'étude de leur rôle, de leur cibles dans la plante hôte, à l'identification de nouveaux gènes de résistance.

Dans le cadre de ce projet, l'équipe Bioinfo apporte son support dans l'analyse des données.

Verger Cidricole de Demain (2011-2014)

Intitulé complet : Verger Cidricole de Demain : conception, évaluation et diffusion de systèmes de production à haute performance environnementale et économique viables

Site du projet : http://www.ifpc.eu/programmes-de-recherche/verger/verger-cidricole-de-demain.html

En collaboration avec les équipes :EcoFun, FruitQual

Dans le cadre du programme de recherche finalisée et d'innovation des instituts techniques agricoles, le projet « Verger cidricole de demain » vise à :

• Expérimenter en conditions réelles (chez des arboriculteurs, producteurs de pommes à cidre) la faisabilité de pratiques culturales envisagées pour réduire l’usage des produits phytosanitaires,
• Évaluer l’efficacité environnementale et l’incidence technico-économique de ces approches.

Afin d'accompagner ce projet, il est nécessaire de mettre en place un outil informatique permettant de :

• Représenter les pratiques culturales mises en place sur les différentes parcelles (règles de décision)
• Représenter l'application en conditions réelles de ces règles de décision, en lien avec les observations faites sur le terrain,
• Évaluer les effets de ces pratiques en termes techniques, économiques, environnementaux, etc.

L'équipe Bioinfo, à travers l'activité de J. Bourbeillon, contribue à ce projet en participant à la mise en place d'une base de données, couplée à des outils d'analyse et une interface Web, permettant d'exploiter les résultats de l'expérimentation.