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L'épigénétique décrit différents mécanismes qui permettent la transmission des états d'expression des gènes par division cellulaire et d'une génération à l'autre. Ainsi, non seulement la séquence d'ADN peut être héritée, mais aussi la « mémoire » des influences environnementales qui ont conduit à des changements transmissibles de la structure de la chromatine et/ou du méthylome. Si de nombreuses connaissances ont été acquises sur des plantes modèles (comme Arabidopsis thaliana), peu de recherches ont été conduites sur les plantes pérennes à multiplication végétative.  

Au cours des dernières décennies, la sélection végétale a fait de grands progrès grâce au développement des marqueurs génétiques. Cependant, des modifications de marques épigénétiques peuvent aussi contribuer à l’expression de caractères d’intérêt agronomique. C'est pourquoi il est maintenant important d'évaluer l'épigénotype des cultures (constitué d'une carte de la méthylation de l'ADN à l'échelle du génome et des modèles de modification des histones) pour accélérer et optimiser les modèles de sélection.

La reproduction végétative des plantes augmente la probabilité de transmission de marques épigénétiques. Ainsi, toute adaptation des plantes à leur environnement impliquant une modification de marque épigénétique pourrait représenter une « mémoire » du cultivar qui serait potentiellement transmise à la génération suivante par bouturage ou greffage. L’épigénome de ces générations clonales de plantes sont susceptibles d’évoluer à mesure que les conditions environnementales changent, sans impacter la séquence d’ADN.

Les principales questions abordées par VALEMA sont fondamentales et incluent :

 1- Quel est le rôle de l'épigénétique dans le contrôle du développement de la plante en réponse à un stress biotique ou abiotique ?

 2- Les marques épigénétiques peuvent-elles être mémorisées par les plantes, et par quel mécanisme ?

 3- Les marques épigénétiques peuvent-elles être transmises par propagation clonale ?

 4- Quels sont les effets des porte-greffes épigénétiquement amorcés sur le développement des scions ?

 5- L'épigénétique peut-elle être développée comme un outil d’amélioration des plantes ?

 6- Quelle est l'étendue de la variation épigénétique naturelle des plantes vivaces ?