La recherche au sein de l'équipe APPIfish peut s'appuyer sur l'équipement suivant :
- Le laboratoire de bactériologie ayant un fonctionnement de type « marche en avant », pour recevoir le matériel biologique des campagnes de terrain,
- Le plateau de biologie moléculaire mutualisé avec d'autres unités de recherche utilisant, entre autres, des thermocycleurs et l’appareil d’électrophorèse à champ pulsé
- La station aquacole (en eau douce) ayant une superficie de 445m² et comprenant entre autre :
- 3 salles de maintien des poissons dont une salle d’acclimatation,
- 2 salles d’expérimentations pour des poissons de toutes tailles comprennent 12 aquariums de 40 litres pour l’une et 22 bacs de 200 litres pour l’autre.
- Deux souchothèques :
- 1 souchothèque de terrain avec plus de 1200 souches collectées,
- 1 souchothèque de référence comprenant 60 souches de références.