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Résumé de la thèse :

Ixodes ricinus est la principale espèce vectrice d’agents pathogènes transmises par les tiques en Europe. Une meilleure connaissance de sa variabilité génétique constitue un apport majeur pour le développement de méthodes de lutte (vaccins anti-tiques…). Via les outils de la génétique des populations et la mesure des flux de gènes, elle permet aussi d’estimer la dispersion des tiques et donc une meilleure compréhension de l’épidémiologie de ces maladies vectorielles. Nous avons développé un nouveau type de marqueurs, les Single Nucleotide Polymorphisms en générant par pyroséquençage une quantité importante de séquences (643 millions de nucléotides) du génome d’I. ricinus. En l’absence de génome de référence, nous avons utilisé une suite originale de logiciels bioinformatiques (DiscoSneap) pour isoler 1765 SNPs. Chacun des 384 loci retenus ont été validés par le génotypage de 480 nymphes individuelles collectées dans une zone du nord de l’Ille et Vilaine comprenant un massif forestier de 1000 hectares entouré par du bocage plus ou moins dense. Un déficit en hétérozygotes a été observé, même à l’échelle la plus fine étudiée, indiquant une forte consanguinité qui pourrait être due à la faible dispersion des larves et/ou l’existence de races d’hôtes. L’ensemble des analyses de génétique des populations suggère l’existence d’importants flux de gènes à l’échelle de l’ensemble de la zone d’étude. Ces marqueurs constituent aussi un apport important pour l’étude de la variabilité génétique de cette tique, depuis l’établissement d’une carte génétique jusqu’à l’identification de gènes du vecteur impliqués dans l’épidémiologie des maladies transmises par les tiques.

Mots-clefs :

Tique, Génétique des populations, Single nucleotide polymorphism, NGS, Bioinformatique, Dispersion, Consanguinité