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Dates de floraison et maturité du pommier

Floraison du pommier
© Inra, CAIN Anne-Hélène
Le déterminisme génétique de deux caractères adaptatifs importants étudié par génétique d’association.

Dans le contexte du changement climatique global, la floraison des pommiers au printemps est plus précoce avec des conséquences sur l’exposition aux risques de gelées tardives et sur la capacité photosynthétique des arbres. Les effets sur les dates de maturité des pommes peuvent aussi poser des problèmes dans la gestion des vergers ou la commercialisation des fruits. Si les programmes d’amélioration du pommier visent aujourd’hui à combiner qualité des fruits et résistance aux maladies avec un rendement suffisant, les caractères d’adaptation à l’environnement (floraison et maturité) devront faire l’objet de plus d’attention pour faire face au changement climatique.

 

Stades de floraison du pommier

Stades de floraison du pommier © Inra, CAIN Anne-Hélène

Dans le cadre du projet européen FruitBreedomics coordonné par l’UMR IRHS (Inra-Agrocampus Ouest-Université d’Angers), les dates de floraison et de maturité d’environ 1200 variétés différentes provenant des collections de six instituts européens ont été analysées et comparées avec des données génétiques denses (plus de 275 000 marqueurs sur l’ensemble du génome). Les travaux menés ont identifié une région génomique sur le chromosome 9 contrôlant la date de floraison et trois régions génomiques, sur les chromosomes 3, 10 et 16, contrôlant la date de maturité. Ces régions génomiques expliquent ensemble 9 et 17% de la variation phénotypique des deux caractères alors que l’origine géographique et l’apparentement en expliquent une très large partie, ce qui traduit en partie l’adaptation locale de ces variétés. Des gènes codant pour des facteurs de transcription ont été identifiés comme gènes candidats dans les régions génomiques identifiées.

Par cette étude, il a été montré comment la génétique d’association, lien entre un marqueur et un caractère, permet d’élucider le déterminisme génétique de caractères d’intérêt chez le pommier et d’améliorer fortement la précision de localisation des régions génomiques associées par rapport à d’autres approches. Ces nouvelles régions génomiques identifiées pourront être utilisées en sélection assistée par marqueurs alors que l’ensemble des données permettra d’établir des prédictions génomiques des valeurs génétiques pour les deux caractères.

Partenaires : Plateforme Gentyane (INRA Clermont-Ferrand), University of Bologna (IT), University of Navarre (SP), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (BE), University of Reading (UK), Research and Breeding Institute of Pomology Holovousy (CZ), University of Agricultural Sciences (SW), Fondazione Edmund Mach (IT), National Agriculture and Food Research Organization (JP), Wageningen University and Research (NL)

Publication associée : Urrestarazu, J., Muranty, H., Denancé, C., Leforestier, D., Ravon, E., Guyader, A., Guisnel, R., Feugey, L., Aubourg, S., Celton, J.-M., Daccord, N., Dondini, L., Gregori, R., Lateur, M., Houben, P., Ordidge, M., Paprstein, F., Sedlak, J., Nybom, H., Garkava-Gustavsson, L., Troggio, M., Bianco, L., Velasco, R., Poncet, C., Théron, A., Moriya, S., Bink, M. C. A. M., Laurens, F., Tartarini, S., & Durel, C.-E. (2017). Genome-wide association mapping of flowering and ripening periods in apple. Frontiers in Plant Science, 8(1923). http://doi.org/10.3389/fpls.2017.01923