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Les réponses adaptatives d’Alternaria brassicicola aux stress subis lors du cycle infectieux sont étudiées à deux stades :

• • durant la phase de colonisation de la plante, les réponses du champignon aux composés de défense indoliques produits par les Brassicacées (phytoalexines, isothiocyanates) ont été caractérisées. Elles correspondent :
    • pour les phytoalexines, à la mise en place d’un mécanisme compensatoire impliquant l’activation des voies de signalisation en réponse aux stress pariétaux et membranaires (voies HOG et CWI) et sécrétoire (voie UPR). Afin de préciser les fonctions et inter-connexions de ces voies de signalisation, des approches globales ou ciblées de génétique, transcriptomique et phosphoprotéomique sont développées [Joubert et al. 2011a, 2011b; Guillemette et al. 2011, 2014 ; Davanture et al. 2014].
    • pour les isothiocyanates, à l’activation d’un métabolisme de détoxication des formes actives de l’oxygène (FAO) et l’implication de glutathion transférases [Calmes et al. 2015a, 2015b].  
  • durant le processus de colonisation de la semence, les conditions expérimentales permettant la transmission d’ A. brassicicola aux semences d’ A. thaliana ont été établies. Des collections de mutants de champignons affectés dans leur capacité à résister à des stress de déshydratation et/ou stress osmotique sont criblées en utilisant ce pathosystème afin d’identifier des déterminants du pouvoir pathogène impliqués dans la colonisation de la semence [Calmes et al. 2013 ; Pochon et al. 2012, 2013].

Ces études ciblées sont complétées par des analyses plus globales de modification du transcriptome des partenaires de l’interaction au cours de la phase de colonisation de la semence et la phase de transmission à la plantule [Thèse G. N’Guyen, 2015; Thèse E. Belmas en cours]. Des approches complémentaires sont développées à l’échelle du microbiome de la semence en collaboration avec l’équipe EmerSys [Barret et al. 2015].