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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Résistance de la carotte face à Alternaria dauci

Attaques d'Alternaria dauci au champ
© VLC
Alternaria dauci est l’agent causal de la brûlure foliaire, la principale maladie foliaire de la carotte. L’interaction entre ce champignon et la plante est étudiée dans le cadre d’une collaboration de long terme entre l’équipe QuaRVeg et l’équipe FungiSem.

Capable d’attaquer différentes espèces dicotylédones, A. dauci présente une forte diversité, et son niveau d’agressivité est très variable d’une souche à l’autre (Boedo et al., 2008). Les sources de résistance connues présentent une résistance de type horizontal, caractérisée par son caractère partiel, un déterminisme quantitatif lié à des QTLs (Le Clerc et al., 2009 ; Le Clerc et al., 2015b), et une absence d’interaction souche x génotype (Le Clerc et al., 2015a).

Face à cette interaction où l’aspect quantitatif des résistances et des agressivités est prédominant, l’équipe s’est attachée à la mise au point des méthodes de phénotypage permettant une mesure plus précise du niveau de maladie (Boedo et al., 2010 ; Lecomte et al., 2014). Ces méthodes incluent différentes modalité d’inoculation, l’usage de la qPCR pour quantifier la biomasse fongique et la confrontation de suspensions cellulaires de carotte à des toxines fongiques. La comparaison des résultats obtenus nous a amené à faire l’hypothèse que différent types de mécanismes de défense, variables d’un génotype résistant à l’autre, concourraient au niveau de résistance observé (Boedo et al., 2010). L’existence d’allèles favorables aux QTLs de résistance propres à certaines génotypes (Le Clerc et al., 2015b) est cohérente avec cette hypothèse.

Trois aspects de la résistance ont été étudiés plus en détail :

* La voie des jasmonates : elle est activée par la présence du champignon chez certains génotypes résistants, mais pas d’autres (Lecomte et al., 2011).

* Les molécules de défense : elles jouent probablement un rôle dans la résistance non hôte mais de façon moins évidente dans les différentiels de résistance observés (Lecomte et al., 2012).

* Les toxines fongiques : la résistance des cellules de carotte aux toxines produites par l’agent pathogène est corrélée avec le niveau de résistance de la plante entière face au champignon (Lecomte et al., 2014, voir Figure).

Les recherches menées actuellement s’orientent dans deux directions complémentaires :

* Un approfondissement, avec une étude des toxines produites par A. dauci, leurs voies de biosynthèse par le champignon et les mécanismes de résistance de la plante à ces toxines (projet ResTox), et

* Un élargissement, avec la mise en place d’une démarche mQTLs afin de repérer des QTLs d’accumulation de métabolites qui colocalisent avec les QTLs de résistance déjà cartographiés (projet MetaboCar).

toxine

Corrélation entre la résistance de la plante entière face à Alternaria dauci et celle des cellules face aux toxines qu’il produit